La flora endémica de Fuerteventura no es abundante si se compara con el resto del Archipiélago Canario, donde en 7.200 Km² existen aproximadamente 650 endemismos, pero resulta muy rica y variada si se compara con cualquier país europeo. Por ejemplo, en Francia, con una extensión de 560.000 Km², existen unas 100 especies endémicas; en el Reino Unido, con 250.000 Km², unas 16; y en Alemania, con 350.000 Km², tan sólo 6.

La vegetación de Canarias se estructura conforme a un modelo de «pisos» , condicionado por el flujo constante de los vientos húmedos del Alisio y la altura del edificio insular. Lanzarote y Fuerteventura apenas sobrepasan los 700 m. sobre el nivel del mar en las cimas de los macizos antiguos, por lo que se ven muy poco afectadas por estos vientos que pasan sin descargar su humedad. Fuerteventura ofrece las mejores muestras de los hábitats subdesérticos del denominado piso basal canario . Su cobertura vegetal es bastante pobre y a ello ha contribuido, no sólo la aridez del clima sino también el excesivo pastoreo; además existen zonas cubiertas de materiales recientes procedentes de las erupciones históricas, donde la colonización natural permanece en las primeras etapas.

Aún así, en el pasado la isla fue el granero de Canarias y sostuvo una importante cabaña ganadera, de ganado cabrío , que continúa siendo una de las más numerosas del Archipiélago. El declive de estos sectores económicos ha posibilitado la lenta recuperación de unas comunidades vegetales profundamente transformadas. Hoy observamos un paisaje dinámico que evoluciona hacia formas próximas a las originales, cuyos vestigios se han conservado en lugares inaccesibles y/o escasamente productivos.

El matorral espinoso es la formación vegetal que ocupa una mayor superficie, extendiéndose por llanos y lomadas, tanto en áreas poco intervenidas como en antiguos campos de cultivo. En la recolonización de estos espacios la aulaga , por su resistencia, se convierte en uno de los primeros elementos del matorral en el proceso de sucesión ecológica. Es por ello que se trata de una de las especies más comunes, llegando casi a monopolizar determinadas zonas. En los lugares mejor conservados aumenta algo la diversidad , participando en la formación vegetal especies como espinos , brusquilla , matomoros o rama , entre otras.

Verodes , tabaibas y cardones representan los elementos vestigiales y más puros de la que se supone formación original. Los tabaibales se conservan en las laderas de algunas lomadas, piedemontes y escarpes, sin olvidar algunos importantes ligados a las coladas más recientes. Dentro de éstos, la tabaiba dulce se instala sobre áreas influenciadas por la brisa marina.

Los cardonales están más restringidos a Jandía, distinguiéndose el cardón canario, especie común a todo el Archipiélago, y un endemismo local, el cardón de Jandía , que sólo se encuentra en una pequeña área de esta península. Al margen del interés científico y la belleza de estas plantas, hay que resaltar su fragilidad derivada de la escasez a nivel local y mundial, que en el caso del cardón de Jandía llega a ser extrema. Por otro lado, el cardón posee una estructura que posibilita el desarrollo de otras especies vegetales en su interior (cornical , tasaigo y espina blanca ), al abrigo de la acción de las cabras.

Las palmeras y los tarajales , casi los únicos representantes arbóreos de la vegetación autóctona, están ligados al cauce de barrancos, fondo de los valles y especialmente, a los bordes de antiguas gavias.

En torno al cauce de los barrancos con agua crece un matorral denso dominado por las brusquillas o matomoros . Esta planta, junto a otras especies, participa en una comunidad mucho más rica, el saladar , cuya importancia está precisamente en su carácter de zona húmeda y, por tanto, en su vinculación con la avifauna, además de su interés botánico, con especies como el salado , saladillo y tebete .

También en la costa, y generalmente cerca de los saladares, se encuentra el jable . Los campos de dunas se extienden hacia el interior a favor de los vientos dominantes. A la tremenda aridez y la fricción producida por el movimiento de la arena se suman altos grados de insolación y salinidad, limitando el establecimiento de los seres vivos. Entre las especies características de los ambientes arenosos destacamos, en las proximidades de la costa, la uva de mar y los balancones , en ocasiones de gran tamaño y siempre sobre dunas ancladas en la trasplaya. Tierra adentro el arenal contiene una rica vegetación representada por corazoncillos , salado , saladillo , melosa , cebollín de playa , ...

La riqueza vegetal de Fuerteventura, aunque constatable en datos, se caracteriza precisamente por su escasa perceptibilidad en el paisaje. Algunos tesoros se encuentran refugiados en las partes más altas de Jandía, con especies endémicas y elementos vestigiales del monteverde (joraos , magarza de Jandía , tajinaste de Jandía , acebuche ; mientras que otras pasan casi desapercibidas. Esto último ocurre con las comunidades liquénicas , representadas por una variada gama de especies, formadas por una costra completamente adherida a la roca, que la recubre con un tapiz multicolor. Dos líquenes con una estructura algo más compleja son el aicán y la orchilla , especies antiguamente explotadas para la obtención de tintes. Estas comunidades son las principales protagonistas en los amplios pedregales que se extienden por llanos, lomadas y piedemontes, en los escarpes rocosos y, como no, en uno de los ambientes más identificativos de nuestras Islas, los malpaíses .